證券交易印花稅1990年首先在深圳開征，當時主要是為了穩定初創的股市及適度調節炒股收益，由賣出股票者按成交金額的6‰繳納。同年11月，深圳市對股票買方也開征6‰的印花稅，內地雙邊征收印花稅的歷史開始。

1991年10月，深市將印花稅率從6‰調整到3‰，牛市行情啟動，后上證指數從180點升至1992年5月的1429點，升幅達694%。

1992年6月12日，國家稅務總局和原國家體改委聯合發文明確按3‰的稅率繳納印花稅，指數在盤整一個月后掉頭向下，一路從1100多點跌到300多點，跌幅超過70%。深市盤整4個月后，從2517點下調到1538點。2002年11月23日到2003年2月22日，深市從1538點回升到3422點，升幅超過220%。

1996年年初至1997年5月，印花稅依然為3‰，深市呈現大牛市行情，指數上漲660%多。

1997年5月12日，證券交易印花稅率由3‰提高到5‰，滬指半年內下跌近500點，跌幅達到30%。

1998年6月，證券交易印花稅率從5‰下調至4‰，股指不升反降，兩個月內震蕩走低400點。

1999年6月1日為了活躍B股市場，國家稅務總局再次將B股交易稅率降低為3‰，上證B指一個月內從38點拉升至62.5點，漲幅高達50%。

2001年11月16日印花稅率再度調低至2‰，股市又產生一波100多點的下行波段行情。

2005年1月23日，財政部又將證券交易印花稅稅率由2‰下調整為1‰，股市輕微拉升后隨即呈震蕩下行趨勢。2001年4月至2005年年末，股市基本表現為熊市。

２００７年５月３０日起，財政部將證券交易印花稅稅率由１‰調整為３‰。